通知要求，灾区各级政府和部门要及时处置遇难者遗体。尸体存放应远离水源，避开低洼地；高度腐烂的尸体必须进行消毒和除臭。
清理废墟时清除的畜禽等动物尸体必须严格消毒并深埋。人畜尸体深埋的，必须严格按照相关要求进行防渗漏处理。要在救援现场和受灾群众集中安置点设置厕所，妥善处理人畜排泄物，有效防止水源污染。
通知指出，要严格按照卫生部、农业部消毒、杀虫、灭鼠相关要求，科学开展病媒防治工作。严禁在灾区使用敌敌畏、滴滴涕、666等国家禁用农药进行杀虫，防止污染周围环境和水源。建议使用拟除虫菊酯类杀虫剂。农业部门要继续积极协调农药生产供应，确保灭蚊蝇需要。
环保部门要对污染源进行彻底排查，尽快摸清饮用水源地周边工业企业状况。环保、水利部门要做好城市集中式饮用水源地监测工作。建设、卫生部门要加强城市水厂、管网水、家庭出水口的水质监测；同时，卫生部门要做好农村饮用水监测，建设部门要进一步加大对受损污水的监测力度。对处理设施、供水设施和管网进行紧急抢修，尽快恢复正常运行。
通知强调，各有关部门要按照国家相关标准开展水源水质监测，增加监测频次，一旦发现水源污染或水质异常，及时交换信息，有效治理水源和水质。可以采取治疗措施。各有关部门要在地方政府领导下加强协作、密切配合，做好水源污染治理准备工作。
通知还要求广泛宣传普及灾后防疫相关健康知识。灾民集中安置点应尽可能设置水污染净化处理设施，并安装能将水烧开的设施或装置，为灾区群众提供开水，防止疫情蔓延。肠道传染病。
