为实现医改目标，卫生部正在把推动4万多家基层医院基本药物配备和使用作为基本药物制度建设的重点任务。然而，药店在销售基本药物方面的作用却被忽视了。在卫生部门看来，39万家药店太多了。推广基本药物，必须保证采购、装备、使用。太多药店不适合基本药物招标采购模式。太多的药店也不方便对基本药物实行“零利润”。“补贴。
虽然政策对药店的支持力度还不够，但随着基本药物制度的推进，药店日益成为基本药物销售的主角。之所以这与政策制定的初衷不符，是因为基层医疗机构仍然依靠“以药养医”生存。很多医院或医生为了增加收入，主动把处方交给患者，并要求患者去药店买药，然后再回医院报销。医院或医生与药房分享利润。造成这一现象的根本原因是基层医疗机构补贴不足。因此，药店原本不是销售基本药物的主流，却成为维持“以药为本”的主流。这也是很多地方基层医疗机构无法配备和使用基本药物的原因。
现在，卫生部门已经逐渐认识到药房在初级保健中的作用。虽然“药品分开”暂时无法实现，但药店仍然可以通过处方配药为基本药物制度建设做出一些贡献。曾几何时，医院非常不愿意开处方。
基本药物进药店难的原因之一就是补贴难。中国医药企业管理协会会长于明德在卫生部一次会议上提出这个问题：“药店怎么能零利润销售基本药物？药店还得交租金。”，水电，都是有费用的。“不过，药店品种多，利润来源丰富，他们并不依靠基本药物来实现盈利，相反，他们有更多的动力继续销售基本药物。
根据商务部的计划，在一些药店数量较多的社区，基层医疗机构不再需要继续销售药品。很多发达地区都是这样。只有将药品销售环节与医院彻底分离，才能加速实现“医药分开”。否则，医疗机构和药品销售就会纠缠在一起，难以打破“以药养医”的困境。打破基层医疗机构“以药为主”，先从开处方的药店开始。
