菌群失调可导致便秘、急慢性腹泻、胃肠炎、肠道功能障碍和外来细菌感染。长此以往，还会引发其他疾病，促进衰老，甚至致癌。这时，使用微生态制剂就可以充分发挥它的“特长”——调节胃肠道失衡菌群，重建生物膜屏障。
但在应用中，益生菌制剂不能替代抗生素；它们是相辅相成的。抗生素用于治疗由病原菌引起的疾病，而微生物制剂则用于调节细菌失衡。找到原因更重要
胃肠道炎症是一种由多种因素引起的疾病。除细菌感染外，理化因素、化学因素、过度劳累和精神刺激等，均可损害胃肠粘膜屏障，引起胃肠道粘膜损伤。炎症变化。这是整体状况变化的结果，不是单方面造成的。
因此，在治疗时应明确病因，采取有效的针对性治疗，才能达到相应的效果。然而，最近一家药厂研发生产了一种所谓的新型微生物制剂，号称专门用于治疗各种胃肠炎，并写着“以菌治菌，治愈快，不复发”，“只是我觉得广告‘杀死有害菌，不伤害有益菌’过度宣传微生物制剂的功效，误导消费者。益生菌并不完全是‘好’”
益生菌的剂量、菌种的选择、使用的时机和方法都有一定的要求。比如，感染性腹泻早期不宜使用微生物制剂，此时使用就“白费力气”；在使用抗感染药物或抗病毒药物的后期，可以服用一些来恢复菌群的平衡。
需要指出的是，微生物制剂并非完全无害，有报道益生菌制剂会引起菌血症、肝脓肿、脑膜炎和心脏损伤。因此，免疫缺陷者、滥用广谱抗生素者、抵抗力低下的老年人应谨慎或避免使用。
微生态疗法推动了医学从抗生素时代向活菌时代的转变，在提高人体免疫力、改善体质、维持内环境平衡等方面发挥了重要作用。每个人都要正确、客观地认识微生态制剂，让自己的胃肠微环境也能“走可持续发展的道路”。
